潮湿的汽车旅馆房间：新儿子已经面目全非

　　少女幸子（宫崎葵饰）和老师的师生恋绯闻被传得风风雨雨，相依为命的母亲稔子（Ryo饰）则自杀未遂。打击不断的生活令幸子无法承受，升入中学后，她不去上学，每天闲逛打发时间。她和依靠小偷小摸赚钱的少年隆夫、精神脆弱的中年人久蔵成为了朋友。隆夫离开后，幸子和好友夏子（苍井优饰）返回了学校。　　不久后，她又差点被母亲的新欢德川强暴。谣言又起，幸子失望地离开学校。昔日的老师恋人现在发电所工作，幸子准备去他那里。然而在约定的小茶店里等了很久，他还是没有出现。灰心的幸子跟一个前来搭讪的男子离开茶店……

　　飞叔移民到加拿大与儿子哈哈一起生活。在飞机上认识了一位来自大陆的黄艳秋，并有意撮合艳秋和哈哈，飞叔与艳秋的姨妈是一对欢喜冤家，艳秋和一个富家花花公子一起，哈哈很沮丧，飞叔鼓励儿子向艳秋表白。哈哈买下一块地，想转头赚钱，但买家临时改变主意，令哈哈欠下一笔钱，飞叔、姨妈、哈哈、艳秋开始了四人新世界……

　　乔万娜低调平凡，每天周旋于政府部门的会计工作、女儿的学校活动。在无趣的外表下，其实是一名执行各种国际危险任务的特务。某天高中同学聚会，发现所有同学都跟她一样，每天都有鸟事跟烦恼。这让她下定决心，接下来的任务要帮助身边所爱的人。透过浮夸的伪装、经历爆笑的情况，她要扭转人生，为朋友带来正义！

 以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。